人々に愛と平和と自由を与えてくれる旅芸人の一座が馬車に乗ってハメルンへ向って行く。だがハメルンの町は、北ドイツで流行っているペストから町を守るために誰も入れてくれない。どこからともなく、一座の笛吹き（ドノヴァン）の美しく不思議な音色が広がり、この音を耳にした町長の娘リサ（キャスリン・ハリソン）は、今までの重病がふっとんでしまう。彼らは何なく町の中へ……。リサが元気を取り戻したので、親の決めた婚約者で領主の息子フランツとの結婚式の準備に大わらわ。しかし、リサはフランツが好きではなかった。そんな彼女に、ビッコのギャビン（ジャック・ワイルド）が、自分で描いたリサの肖像画を持ってやってきた。彼はリサに恋をしていたし、リサも彼に好意を持っている。結婚式の日、寺の鐘は鳴り、町民は祝福してくれたが、リサとギャビンは悲しかった。そんな彼らを慰めてくれたのは例の笛吹き。しかし、既に町中はネズミだらけ、町長にはネズミ退治の方法がなかった。その時、笛吹きが“千ギルダーくれるなら、一匹残らず退治する”と発言した。町長はわらをも掴む思いで笛吹きに依頼した。笛の響きは、ネズミの大群を河の中へと導びいた。笛吹きが千ギルダー要求した時、彼らは、そんな約束をした覚えはないといいはった。その夜、町の隅々にまで、あの笛の音がこだました。今度は町中の子供たちが眠い目をこすりながら、その後についていき、その中にはリサの姿もあった。翌朝、あの美しいハメルンの町に残ったのは、ペストという疫病と大人たちだけだった。