地球連邦軍基地ジャブローへのジオン軍の執拗な攻撃を退けたホワイトベースは、宇宙へ向けて発進した。今回の主任務は、ルナツーへ向かうティアンム艦隊よりジオン軍の目をそらすこと、すなわち囮となることだった。シャアもまた、ホワイトベースの後を追って地球を発進した。途中、ジオン軍のキャメル艦隊との戦闘で傷ついたホワイトベースは、サイド6へ向かった。アムロはサイド6の市街へ出た時、酸素欠乏症で脳を侵されている父を発見する。父の症状に絶望したアムロは、偶然、ララァと呼ばれる不思議な少女と一人の男に会った、アムロはこの男こそシャアに違いないと直感した。サイド6を後にしたホワイトベースは、連邦軍の第三艦隊と合流、ジオンの宇宙要塞ソロモン攻略戦に参加。凄絶な闘いの末、ソロモンは陥落した。しかし、この戦いでスレッガーが死に、いつしか彼を愛していたミライは、アムロにとりすがって泣いた。ホワイトベースはテキサスコロニーに入港した。シャアもまた新型モビルスーツ＝ゲルググを受け取るため、テキサスに潜入していた。そのシャアと今は敵同士の妹セイラが再会した。シャアは彼女に艦を降りて地球へ脱出しろと告げると、砂嵐の中へ消えていった。今やソロモンは連邦軍の拠点として活動を開始していたが、モビルアーマー＝エルメスを操るニュータイプ少女ララァの攻撃は、連邦軍を苦しめていた。ついにアムロとララァが対決し、アムロが勝った。だが、ララァが死ぬ寸前、二人のニュータイプの思惟が重なりあった。二人は“人類の未来”を見たのだった。ついに連邦軍主力艦隊に向けて、最終兵器ソーラ・レイが発射された。それは艦隊の大部分を一瞬にして消し去った。ホワイトベースを含む連邦軍残存艦隊は、ジオン軍の宇宙要塞ア・バオア・クーに最後の総攻撃をかけた。ガンダムとシャアの乗る試作途中のモビルアーマー＝ジオングは激しく戦い続け、ついにアムロとシャアは大破した機体をすて、生身の体を張って戦い始めた。二人の無意味な戦いをやめさせようとするセイラ……そして、戦いは終った。戦争の虚しさを知った連邦軍とジオン軍の和平交渉が成功したのである。今こそ戦争のない新しい世界が開けようとしていた。だが、アムロとの戦いの最中に姿を消したシャアの行方はそれ以後分からない－－。