のび太はドラえもんやしずかちゃんと一緒にビデオを撮影中、不思議なロケットを見つけた。それは小さな宇宙人パピが戦争から逃れるために乗ってきたものだった。のび太たちは早速パピと仲良しになった。その頃、やはり特撮ビデオを撮っているジャイアンやスネ夫たちが謎の宇宙戦艦に襲われていた。実はパピは、宇宙の小さな星ピリカ星の大統領で、反乱軍のギルモア将軍に追われていたのだ。将軍がさし向けた宇宙戦艦はしずかちゃんを人質にすると、脅迫してパピをつかまえ、処刑するためにピリカ星へ飛んで行った。のび太たちはドラえもんの“スモールライト”で小さくなっている間に、パピも“スモールライト”も奪われてしまったので、元に戻れなくなってしまった。そこでパピを救い、“スモールライト”を取り戻すべくピリカ星へ旅立った。ピリカ星へ着いた一行は、何度もピンチにあったものの、ギルモア将軍をやっつけ、ピリカ星に再び平和を取り戻した。