1988年7月、東京で核爆発が発生、第3次世界大戦が勃発した。2019年、ネオ東京では軍の指揮下で新兵器・超能力の研究が進められていた。キヨコ（25号）、タカシ（26号）、マサル（27号）ら永久幼年者はエスパーの実験体で、もう一人のアキラと呼ばれる28号は超能力があまりに強大でコントロールできないためカプセルの中で眠らされていた。職業訓練校生の鉄雄は友人の金田らとバイクで走っていたところタカシと遭遇。避けようとしたが、転倒して重傷を負ってしまう。そして鉄雄はタカシと共に軍に連れ去られ、エスパーとしての訓練を受けた。やがて鉄雄は恐るべきパワーを身につけ、周囲を破壊していく。自分にも軍にもコントロールできないのだ。その力はアキラにも匹敵し、またアキラを目醒めさせる危険も出てきた。金田はゲリラのケイと手を結んで鉄雄を止めようとするが、どうにもならなかった。軍の施設を抜け出し、アキラの眠るオリンピック会場建設場へ進む鉄雄を、軍やゲリラ、金田らが追う。鉄雄はついにアキラのカプセルを壊すが、アキラの正体はバラバラに保管された脳神経だった。キヨコ、タカシ、マサルは3人の力を合せてアキラを甦らせ、鉄雄を全く別の宇宙へと連れ去るのだった。