一九八〇年代から地球は宇宙戦争に巻き込まれていった。一九八八年秋、世界各地で謎の飛行物体が目撃され、ＵＦＯの騒ぎと電波障害で大混乱した。国連宇宙局日本支部の松沢所長は、日本アルプスに落下した謎の飛行物体の調査を国連宇宙局勤務の三好孝次に依頼する。ある日、三好は宇宙ステーション・テラの三笠と交信していると、突然画像が妨害電波のために消えた。そして三笠の叫び声と同時に、画面に閃光がはしり、音声も絶える。地球上の各地で凄絶な戦いが始まった。侵略軍の球状ロケット、ヘル・ファイターは、国連軍基地を全滅させる。だが、この時すでに国連宇宙局の秘密機関では、宇宙戦争にそなヘ、滝川正人を中心に宇宙防衛艦「轟天」の建造を進めていた。ヘル・ファイターを一掃した「轟天」は侵略軍の基地のある金星に向って出撃した。青味がかった黄色い雲を突き抜けると、灼熱の星金星がせまった。着陸した「轟天」から偵察隊員の乗るランドローバーが走りだす。そして、火山の麓に潜む「宇宙大魔艦」を発見する。太陽系から二万二千光年のメシヱ13と呼ばれる球状星団、恒星ヨミの第三惑星が侵略軍の母なる星であった。やがて「大魔艦」からへル・ファイターが次々と発射され、金星での凄絶な空中戦が始まった。遂に「大魔艦」が号音とともにロケットを噴射して、その巨体を浮上させた。そして、その決戦は、人類の生存を賭けた戦いであった。