広告写真家旗中と助手の西部がモデルと狙っている美人がいた。光国海運専務楠見の秘書で神宮司真琴だ。或る夜、旗中が楠見と真琴の車をつけていた時、不思議な事が起った。楠見と真琴がムウ帝国工作隊員と名乗る男に、誘拐されようとしたのだ。旗中の活躍で奇怪な男は海に消えていった。ムウ帝国とは、約一万二千年前、太平洋の真中で繁栄を誇った大陸だが、それが一夜にして大地震のため海底に沈んだと言われていた。楠見専務は元日本海軍技術少将、そして真琴は敗戦の夜、行方不明となった潜水艦長神宮司大佐の忘れ形見だという。この事件の裏には何かありそうだった。そんな或る夜、楠見のもとにフィルムが届けられ、その箱には「日本国民に告ぐ－－ムウ帝国」と書かれてあり、その内容は更に驚くべきものであった－－海底に没したムウ帝国は、その偉大な文明を駆使し、今なお海底王国として繁栄しているというのだ。そして再び地上に帰り全世界を支配しようというのだ。ただ一つムウ帝国のニガ手は神宮司大佐がある島に健在であり、海底軍艦ともいうべき強力高性能の潜水艦を造っていることだ。楠見閣下は部下であった神宮司大佐の所在を知っているはずである。今ここに神宮司に対し建艦中止命令を出さない時は、全世界はムウ帝国によって破壊されると思え－－と告げられてあった。この予吾を裏書きするように、世界各地で原因不明の大事故が多発した。事態を重視した楠見は、真琴、旗中、西部らと共に南海の孤島へ飛ぶことにした。神宮司大佐に会い、海底軍艦の出動を要請するためである。まさにムウ帝国と海底軍艦との世紀の争いは開始を告げようとしているのだった。