広島衛戍病院で破壊された細胞組織の再生を研究しているボーエン博士と同僚の川地、戸山李子の三人は、原爆地広島に忽然と現われた怪童の身柄を預かった。放射能に強く、白人である両親不明の怪童は、周囲の好奇の目の中で、李子の二倍にもあまる成長を示し、もはや人間と一緒に生活することが不能であった。倉庫の中で鎖に繋がれた怪童、報道関係者は広島に集中した。そのころ広島衛戍病院を訪れた海軍大尉河井は、終戦直前にドイツの潜水艦からフランケンシュタインの心臓をひきとって、広島衛戍病院へ届けたと語った。フランケンシュタインの心臓とは、蛋白質の補給さえあれば、活発な細胞活動により身体がなくなっても復元するというものだった。もしこの怪童がフランケンシュタインであれば、手足をきっても、新しい手足が出てくるはずだ。折しもテレビ取材に怒った怪童は、倉庫を破り飛び出した。後には鎖でちぎられた手首が床の上を匐っていた。やはり怪童はフランケンシュタインだったのだ。そのころフランケンシュタインは、岡山や、姫路で家畜を喰い荒し、市民を恐怖させていた。警察がやっきになっていた頃、白根山でハイカーが、清水トンネルで工夫が、行方不明となった。その頃フランケンシュタインの行方を捜すボーエン博士のもとに、河井がもう一匹怪獣がいるらしいと情報を入れた。中世代の大爬虫類が地球の表面が寒くなったため寒さをのがれて地底にもぐり、子孫を残して来た。そして不思議な光線を明滅させているという。ボーエン博士らは、フランケンシュタインを保護し、飼育しようと富士の裾野へと向った。霧におおわれた裾野では、地下から現われたバラゴンがフランケンシュタインと対決していた。角兵器をもつ怪獣バラゴンと怪力をもつフランケンシュタインの決闘は、凄惨をきわめたが、バラゴンが傷つき巨大な穴を残して地中にもぐりこんだ。そしてフランケンシュタインもバラゴンを追って、地中にもぐっていくのだった。