ネルソン司令官、次郎、スーザンの三人は国連調査船の原子力潜水艦で海底油田の調査を行なっていた。ある日、南海のモンド島近くで艦が故障し、三人はその島に上陸した。ネルソンは陸上動物の研究者でもあり、モンド島が巨大な類人猿キング・コングの住んでいる場所だと知った。案の定コングが現われスーザンに親し気な素振りを示して次郎たちを驚かせた。コングにはスーザンの言葉が分るらしかった。一方、このコングを生け捕りにしようと狙っている一味がいた。ドクター・フーとマダム・ピラニヤである。彼らは北極近くの地中に眠り、ウランよりも強い放射能を持つエレメントＸを掘るために、コングを使おうと考えていたのだった。フーはメカニーコングというロボットでやってみたが、放射能に邪魔され失敗していた。スーザンがコングを動かすことが出来ると分ると、フーはコングを捕獲し、彼女をも狙った。一方、コングがフーに捕ったと知ったネルソンたちは国連の許可を得て北極に向ったが、途中東京に寄った時、フー一味に捕われ極地に連れてこられた。そこではコングがエレメントＸを掘り出そうとしている姿が見られた。しかし、鎖を切って逃げ出したコングは、海を泳ぎ、東京に現われたのである。フーは早速メカニーコングとネルソンたちを連れ、東京に向った。やがて、コングとメカニーコングの戦いが東京の真中で始った。その頃、マダム・ピラニヤはフーとエレメントＸの所有権を争って負け、ネルソンたちを逃がした。マダムは某国の秘密諜報員で、フーを利用してエレメントＸを手に入れようとしていたのだった。一方、コングの巧妙な作戦で電線に触れたメカニーコングは焼けてしまい、勝ち誇ったコングは、フーの乗った船を沈めると、南の島をめざして泳ぎ去っていった。