タイム・パトロール隊員のリングは戦国時代での異常をキャッチするが、何者かによって攻撃を受け、95年の世界に不時着する。そこが野原家の地下だったことから、身動きの取れないリングはシロに発信器を装着し、野原一家に協力を求めた。時間犯罪者の破壊活動を阻止するために立ち上がったしんちゃんは、両親とシロと共に戦国時代へタイム・スリップ。そこで、伝説の救世主・三人と一匹を待っていた吹雪丸という少年剣士に出会ったしんちゃんたちは、雲黒斎によって殺された吹雪丸の両親の敵討ちの旅に出発する。道中、みさえのバッグを盗まれたり、猫之進の攻撃にあったり、みさえとひろしを玉の中に封入されたりという目にあいながらも、しんちゃんは出発前にリングに貰ったタイム・スーツの変身機能を駆使して吹雪丸をサポートするのだった。だが、フリードキン珠死朗との戦いの時に、吹雪丸が実は女の子であったという事実が発覚し、少なからずショックを受けてしまう。何とか黒雲斎の城内に潜入したしんちゃんたちは一気に天守閣へ向かい、お銀と激闘を繰り広げる。勝負には勝ったものの、その戦いで体の機能を麻痺させられてしまった吹雪丸は、宝刀・第七沈々丸をしんちゃんに委ね、その場に倒れた。しんちゃんはタイム・スーツで大人しんちゃんに変身すると、雲黒斎の正体を30世紀の歴史マニア、ヒエール・ジョコマンと見破り、第七沈々丸を振り回して敵に向かっていった。からくもヒエール・ジョコマンを倒したしんちゃんによって、玉に封入されてしまっていた吹雪丸の妹（実は弟）やみさえとひろしも元の姿に戻り、歴史の歪みも修正される。別れを惜しみながらリングの用意したタイムマシンで現代に帰還する野原一家だったが、そこに待っていたのは懐かしの我が家ではなく、趣味の悪いサイケな我が家であった。浦島太郎状態の野原一家は、それが20世紀に逃げ込んだヒエール・ジョコマンの仕業であることをテレビで知る。またもやリングの協力を求められた野原一家は、再びヒエール・ジョコマンの潜む雲黒城へ乗り込み、最後の戦いを挑んだ。ヒエール・ジョコマンの操縦するロボットとしんちゃんの深層心理が生み出したカンタム・ロボの壮絶な戦いが展開。しかし力を合わせた野原一家の活躍によりヒエール・ジョコマンは倒され、世界には今度こそ本当の平和が取り戻されるのであった。