夏休みも後半にさしかかっているというのに、のび太は宿題の自由研究に全然手をつけていない。そんなのび太のためにドラえもんは未来の世界から“創世セット”なるものを取り寄せてくれた。それは宇宙の誕生から地球の発生までを短時間で見せるもので、まさに自由研究にはピッタリだった。早速、のび太は良い世界を作ろうと神様になりきって、説明書通りに創世セットを作り始めた。多少の失敗もあったが、なんとか生命の誕生期までこぎつけたのび太とドラえもんは、様子を見るためにその地球に降り立った。しかし、生命の中心がまだ海の中であるのをじれったく思ったのび太は、ドラえもんに頼んで“進化退化放射線”を浴びせて魚の進化を速めてもらう。ところが、その光線に一匹の虫が当たっていたことにドラえもんたちは気づかなかった。しばらくすると魚たちは恐竜に進化した。映画のような世界が展開するのを見てのび太は大喜びしたが、恐竜たちは小惑星の飛来によって絶滅してしまうのだった。ミニ地球が誕生して46億年が経ち、のび太たちにもジャイアンやスネ夫、しずかちゃんらの仲間が増えた。彼らは空の上から原始人の生活や薬師のおじいさんの生活などを観察するが、ミニ地球に他の知的生命の存在を薄々感じるようになっていた。さらにミニ地球の時代は流れ、気球による南極大陸横断を果たした出来松博士が地底探検に出発したのに同行したドラえもんたちは、異常に進化した虫たちの世界を発見するのであった。自然を破壊し地上を占領した人類に対し、挑戦的な態度の虫たち。だが、ドラえもんの提案で別の創世セットの地球に虫たちが移住することを条件に戦争は回避され、のび太の作ったミニ地球は平和を取り戻し、自由研究は完成するのであった。