フランス生まれの怪盗ルパンの血をひく泥棒貴族、ルパン三世。二世が築き上げたルパン帝国をマカ・ローニ一家に潰されて、日本人を母に持つルパン三世だけが生きていた。この男、爺さんゆずりの盗みの天才だが、女に弱いのが玉にキズ。ある日、護送車で連行中の女囚・峰不二子を見染め、刑務所から助け出した。おかげでルパンは、銭形平次の子孫・銭形警部、大岡越前守の子孫・大岡、遠山金四郎の子孫・遠山らに追いかけられるはめになった。ところがもう一団、ルパンを追いかける者がいた。マカ・ローニ一家で、三世が生きていると知って捜し始めたのだ。一方、ルパンに思いがけない味方がついた。ルパン帝国配下の生き残りで、三世を守ることが天職と心得ている次元大介という、体中に銃を隠し持っているけったいな男である。さてルパンは、世界宝石展開催中の会場から大量の宝石を奪うが、不二子に横取りされてしまった。不二子にふられ、マカ・ローニ一家系列の暗黒街のボスの命を受けた殺し屋に狙われて、いささか疲れたルパンは、自ら警察に出向いて刑務所で休息することにした。銭形以下警察トリオは狂ったように大喜び。ルパン逮捕を知った暗黒街のボスは、邪魔者がいなくなったと安心し、宇宙人をモデルにしたという古代の土偶を盗み、大資本家に売りつける念力作戦にとりかかった。ルパンを警察に売り、脱獄の罪を張消しして釈放された不二子は、土偶を横取りしようとするが、逆に捕われてしまった。刑務所で不二子危機の情報を得たルパンは、早速脱獄して不二子救出に、海辺のホテルに駆けつけた。不二子は崖っぷちの小屋にいる。そこにルパンを追いかけて来た警察トリオ、殺し屋、三者入り乱れての大乱戦。その時、次元の運転するヘリコプターが……。