火星の遺跡をめぐって地球と木星との戦争が終結してから3年後の西暦2201年。宇宙には平和が訪れていた。ユリカやアキトが新婚旅行中に謎の事故死で亡き後、新しい機動戦艦ナデシコBの艦長として就任したのは、元オペレータで16才のホシノ・ルリであった。ルリたちは相次ぐターミナル・コロニーの爆破事件を調査しに、メイン・ターミナルコロニーアマテラスに潜入。そこで火星の後継者と名乗る組織のクーデターが勃発、爆破事件も彼らの仕業とわかる。しかも奇妙なことに、その事件の背後には事故死を遂げたはずのユリカやアキトが関与していることが判明した。その真相を究明し、さらに火星の後継者によって奪われた火星の遺跡を奪還すべく、新たな独立部隊が機動戦艦ナデシコCに結成された。それはルリの呼びかけによって再結集した旧ナデシコのメンバーだった。