キャンプの帰り、西多摩市に新しく出来たばかりの日本一の高さを誇るツインタワービルを訪れたコナンたちは、毛利の大学の後輩で、ビルのオーナーにしてパソコンソフト会社“ＴＯＫＩＷＡ”の社長である常磐美緒と会う。ビルの最上階では、来週開かれるオープンパーティの準備が着々と進められており、そこでコナンは、打ち合わせに訪れていた富士山の絵を得意とする日本画家・如月峰水、ビルを設計した風間英彦、市会議員の大木岩松、美緒の秘書である沢口ちなみ、コンピュータ・プログラマーの原佳明らを紹介されるが、彼らはどこか胡散臭い。そして、それを証明するかのように大木、原が次々と何者かに殺害され、美緒までもがパーティの席上で命を奪われるという事件が勃発する。彼らの死体の側には、いずれも割れたお猪口が残されていた。早速、推理を働かせるコナン。しかし彼の周りでは、黒の組織が元組織の科学者でありコナンと同じ薬を飲んで組織から身を隠している灰原と、組織の情報をハッキングしている裏切り者の命を狙って不穏な動きをしていた。そんな中、コナンは大木と美緒を殺害した犯人が峰水であることを突き止める。峰水は、富士山の見えるアトリエの視界をツインタワービルで遮られたのを恨みに思い、美緒とビル建設に一枚噛んでいた大木を殺し、富士山に見立てたお猪口をメッセージとして現場に残したのだ。そして、実は黒の組織の裏切り者であった原を殺害したのは、組織のヒットマンであるジンとウォッカのふたりであった。ところが、真相を明らかにしたコナンの前に、次なる困難が待ち受ける。組織の仕掛けた爆弾がビルの地下と40階のコンピュータ室で爆発し、火災が発生したのだ。逃げ場を失いビル内に閉じ込められてしまった少年探偵団の仲間たちを救うべく、コナンはパーティの余興の商品だったマスタングで隣のビルへ飛び移ることを思いつき、見事、脱出に成功するのであった。