ＩＴ業界の帝王と言われるシンドラーの下、全く新しい人工知能プログラムノアズ・アークをたった10歳で開発した天才少年、ヒロキ・サワダが謎の自殺を遂げてから2年、東京都米花市の米花シティホールでは、政界、財界、芸能界など有名人の子供たちが招待され、体感シミュレーション・ゲームコクーンの発表会が開催されようとしていた。だがその直前、コクーンの開発責任者・樫村がその出資会社の社長でもあるシンドラーに殺害された。樫村が残したダイイング・メッセージから、事件の謎を解く鍵がコクーンの中にあると気づき、ゲームに挑戦することになるコナン。ところが、コクーンのコンピューターに侵入したノアズ・アークによってゲームは制御不能に。ひとりでもゲームをクリアしないと、日本の将来を担う50人の子供たちの頭が破壊されるという事態に陥ってしまう。しかし、シャーロック・ホームズが活躍した100年前のロンドンを舞台にジャック・ザ・リッパーと闘うステージオールドタイム・ロンドンを選んだコナンは、苦難の末に見事ゲームをクリアすることに成功し、子供たちを無事救出。同時にノアズ・アークは消滅し、樫村殺しの犯人も、コナンの父・工藤優作によって実はジャック・ザ・リッパーの子孫であることを隠そうとしていたシンドラーによるものと解明されるのであった。