ラクーンシティの地下深くに隠された巨大企業アンブレラ社の巨大研究所から“T-ウィルス”が漏洩され、感染し死亡した研究員は生ける屍“アンデッド”となった。あれから36時間、街は感染しつくしていた…。今やアンデッドの街と化したラクーンシティで、アリス(ミラ・ジョヴォヴィッチ)は、数少ない生存者と行動を共にしていた。そこへ、1本の電話が入る。全ての元凶“T-ウィルス”を発明した、アシュフォード博士からだ。彼は、アンブレラ社が“事実”を隠蔽するために街に核爆弾を投下すると告げた。残されたのは、たった4時間。悪夢を生きぬいたアリスを、更なる試練が待っていた。博士は、街からの脱出方法を教えるという。しかし、アリスたちの行く手をアンブレラ社が放ったバイオ兵器・暗殺者“ネメシス”が阻もうとしていた……。