2004年。癌により死期が迫っている億万長者の実業家ウェイランド(ランス・ヘンリクセン)は、環境問題専門家で女性冒険家のレックス(サナ・レイサン)をガイド役にした国際チームで、南極の地下深くから放出されている謎の熱源の調査を敢行する。すると地下600メートルで、各文明が交じり合った巨大ピラミッドを発見した。彼らはピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことを確信する。その時、突如部屋の壁が動き、閉じた空間の迷路によって調査メンバーは分断されてしまう。やがて、クイーン・エイリアンの産卵により生まれた無数のエイリアンと、母船から地球に降下した3体のプレデターとの壮絶な死闘が開始され、調査メンバーたちはそれに巻き込まれる形で、一人また一人と次々命を落としていく。ウェイランドや考古学者のセバスチャン(ラウル・ボヴァ)も殺され、いよいよ生き残りはレックスだけ。彼女はプレデターと共闘するようになり、大量繁殖したエイリアンたちを殺害していく。やがて、特大のエイリアンとの戦いでプレデターは倒されるが、そのエイリアンも海に沈んだ。まもなくプレデターの仲間たちが現われ、遺体を運んで宇宙へと去ってゆく。しかし母船の中で、その遺体の中からエイリアンが産まれてしまうのだった。