宇宙世紀0087年。コロニー国家“ジオン公国”との“一年戦争”終結から7年、平和を取り戻した地球圏で新たな戦乱が起きようとしていた。腐敗した地球連邦政府の軍内部に地球至上主義者によって組織された“ティターンズ”と呼ばれるエリート部隊が、スペースノイド（宇宙移民者）たちへの弾圧を始めたのである。これに対し、一部の人々は反地球連邦組織“エゥーゴ”を設立。ジオン公国のエース・パイロットであったシャア・アズナブルも、クワトロ・バジーナと名前を変え、それに参加していた。ある日、戦後に建造されたスペース・コロニー“グリーン・ノア1”で、ティターンズが開発していると言う新型の“ガンダムMk-II”を奪取すべくグリーン・ノア1に乗り込んだクワトロは、そこでアムロの再来を思わせる少年、カミーユ・ビダンと遭遇。Mk-IIの操縦に成功したカミーユと共に、コロニーを脱出する。だがエゥーゴに参加したカミーユは、非道なティターンズによって母・ヒルダを目前で殺され、更に父・フランクリンも失う。その後、様々な交戦を経て、エゥーゴの拠点である月へ向かったカミーユたちに、地球連邦本部基地“ジャブロー”への侵攻命令が下った。ティターンズ部隊の攻撃を振り切り、地球降下を果たしたカミーユたち。しかし、ジャブローにはティターンズによって核爆弾が仕掛けられており、捕らわれていたレコア・ロンドを救出した彼らは、間一髪、脱出するも、強化人間、ロザミア・バダムらに追撃を受けてしまう。だがその戦闘の中、クワトロは再び戦いに身を投じる決意をしたアムロ・レイに再会するのだった。