地球に存在する12個の「コスモカプセル」すべてを手に入れた者は、全宇宙を支配する力をもつことができる。西暦2500年の未来。邪悪な宇宙海賊が「コスモカプセル」すべてを強奪し、全宇宙を支配していた。その圧倒的な力の前では、カプセル奪還のために勇敢に立ち向かう反乱軍も無力だった。宇宙の平和を取り戻すために、反乱軍に残された手段はただ一つ。500年前にタイムスリップして、宇宙海賊によるカプセル略奪を阻止すること！ そして、時空を超えて選ばれし戦士たちが2005年に送りこまれた。西暦2005年、現在。宇宙海賊が「コスモカプセル」略奪のため、突如地球に襲来した。地球の“未来”を救うため、未来からやって来た戦士。地球の“今”を救うために、立ち向かう戦士。地球を守るために宇宙海賊を迎え撃つ、現在と未来の戦士。その名は【超星艦隊セイザーX】。セイザーXの登場により、カプセル略奪に苦戦する宇宙海賊。しかし、宇宙海賊は宇宙最強最悪の生命体・ボスキートを蘇らせようとしていた。迫り来る地球の危機に、伝説のヒーローが集結する。