ますます混迷を極め、かつてないほど緊迫した状況に置かれている現在。そんななか、地球の平和を守るために警備組織〈チーム・アメリカ〉が結成された。ハリウッドの秘密基地を拠点としている彼らは、アレック・ボールドウィンをはじめとする多くの知識人から「救済活動と称して破壊行為を繰り返しているだけ」と手厳しく批判されながらも、そんなことは一切気にせず、今日もマシンガンを両手に憎きテロリストたちを無差別に殺しまくる。とある独裁者がテロリストに大量破壊兵器を売りさばこうとしていることを突き止めた〈チーム・アメリカ〉は、陰謀に対抗するための新メンバーとして、ブロードウェイのスター俳優ゲイリー（声：トレイ・パーカー）をおとり捜査官としてリクルート。スターになってビッグになる夢を犠牲にしたくないゲイリーは一度はその申し出を断るものの、自らの演技の才能を意義ある仕事、すなわち世界平和のために生かすべきだと考え直す。元アメフト選手のジョー、マーシャルアーツの達人クリス、心理学専攻のリサ、心霊者のサラら、心強いメンバーたちのバックアップを受けて、ゲイリーは武器ディーラーの隠れ家への潜入を試みる。が、その背後では、テロリストたちの黒幕である独裁者が世界征服をたくらんでいた。彼はアレック・ボールドウィンをはじめ、ジョージ・クルーニー、ショーン・ペン、サミュエル・Ｌ・ジャクソン、マット・デイモンといったそうそうたるハリウッド・スターたちと接触し、その政治的影響力を利用しようともくろんでいたのだ。果たして、われらが〈チーム・アメリカ〉は、この絶体絶命の危機を救うことができるのか？