T－ウイルスの蔓延によって進行する人類のアンデッド化。地上のほとんどの土地が砂漠化して、アリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は監視衛星の追跡を避けながらオートバイで旅をしていた。自分の中で覚醒しつつある能力に翻弄されながらも…。その一方、カルロス（オデット・フェール）やL.J.（マイク・エップス）は新たな仲間と武装車団を組み、安息の場所を求めて放浪を続けていた。すべての元凶であるアンブレラ社は拠点を地下に移し、アイザックス博士（イアン・グレン）による「アリス計画」を進めていた。これは、クローン化したアリスのDNAから対アンデッド用の血清を抽出するという実験だったが、そのためはアリスのオリジナルの血液が必要だった。アリスの消息を追い求めるアイザックス博士。カルロスたちは砂漠のモーテルにたどりつき、一夜を明かす。しかし翌朝、彼らに襲いかかるのはアンデッド化したカラスの大群だった。そこに、強力なパワーを身に付けたアリスが現れる。テレキネシスでカラスたちを一掃するアリスだが、力尽きてその場で倒れる。そのエネルギーの放射を関知したアイザックス博士は、アリスの居場所を突き止めた。回復したアリスは、カルロスたちにアラスカ行きを勧める。アラスカまでの食料と燃料を確保するためラスベガスへと向かう一団だが、待ち受けていたのはアリスのクローン血清で強化されたスーパー・アンデッドだった。激闘の末、スーパーアンデッドを全滅させたアリスは、アンブレラ社のヘリコプターを奪ったカルロスたちがアラスカに向かうのを確認してから、地下研究室に突入する。そこには、アイザックス博士がアンデッド化した最強の敵タイラントがいた。苦戦するアリスを救ったのは、覚醒したクローン・アリスだった。タイラントを倒し、クローン・アリスが次々と覚醒する。アンブレラ社との最終決戦が始まろうとしていた。