ある夜、嵐が町を襲った。湖のほとりに住むデヴィッド（トーマス・ジェーン）、妻ステファニー、5歳の息子ビリーは地下室に避難する。翌日は晴れるが、湖の向こうに霧の壁が発生する。デヴィッドは息子と、隣人の弁護士ノートンと共にスーパーマーケットに買出しに行く。マーケットでは店長バド、副店長オリーらが働いていた。そこに骨董品屋の女主人カーモディ（マーシャ・ゲイ・ハーデン）がやってくる。レジには長い行列ができ、若い女性アマンダ（ローリー・ホールデン）がいた。外で軍人が動き回りサイレンが鳴る。すると鼻血を出した男がマーケットに駆け込んできて、「霧の中に何かいる！」と叫んだ。マーケットが霧に包まれると突然大きな衝撃音が響き、壁や天井にひび割れが起きる。カーモディは世界の終わりだと言う。デヴィッドが発熱したビリーのために毛布を取りに倉庫に入ると、不気味な物音がする。発電機をチェックしに来たバドとノーム、倉庫係ジムたちと調べるが、不審なものは見当たらない。ノームが外にある排気口を調べに行こうとすると、突然触手を持った生物の襲撃を受け、霧の中に連れて行かれる。デヴィッドたちは皆に、霧の中に危険な生物が潜んでいることを伝えるが信じてもらえない。デヴィッドたちは何人かを倉庫に連れて行き床に転がった触手を見せ、事態を納得させる。デヴィッドを信じた人たちは板ガラスを保護し、武器になるものを集め出す。夜になると突然、怪物がガラスを打ち破り店内に入ってきた。デヴィッドたちは武器で戦うが、犠牲者が出る。残された者たちは、終末を予言するカーモディの言葉を信じ始める。軍と霧の関係を疑ったカーモディは、生贄として客としていた兵士を外に出す。兵士は霧の中の生物に連れ去られる。デヴィッドと数人の賛同者は外に出ていくことを決意する。しかしカーモディに阻まれる。生贄としてデヴィッドたちを血祭りに上げようとする人々。バドがカーモディを射殺しなんとか難を逃れる。外に出たデヴィッドたちを襲う生物たち。バドらが喰われるが、何とか5人がデヴィッドの車にたどり着く。そして怪物らの襲来を避けつつ、デヴィッドは自宅へ戻る。しかしそこにあったのは、変わり果てた妻の姿だった。デヴィッドは再び車を走らせるが、ガソリンが切れてしまう。希望が見えないことを悟ったデヴィッドたちは、銃で自殺を図るが、デヴィッドの分の銃弾は残されていなかった。一人生き残ったデヴィッドは、何者かが近づいてくることを感じ外に出る。しかしそこに現れたのは怪物ではなく戦車を伴った軍隊であった。霧の切れ目に併せ次々と怪物を退治しつつ街の中心部に進む軍隊。すっかり霧の晴れた中でデヴィッドは深い後悔の中絶叫するのだった…。