汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオン初号機のパイロットとして、人類を滅ぼそうとする謎の敵“使徒”と戦うことを選んだ碇シンジ（緒方恵美）。零号機パイロット、綾波レイ（林原めぐみ）とともに、日本中の電力を使用する“ヤシマ作戦”で第6の使徒を撃破したシンジの前に、新たな少女たちが姿を現す。ドイツからやってきたエヴァンゲリオン2号機パイロット、式波・アスカ・ラングレー（宮村優子）。そして、真希波・マリ・イラストリアス（坂本真綾）。さらに、正規実用型3号機、仮設5号機と続々登場する新型エヴァンゲリオン。使徒との戦いはさらに激しさを増していく中、シンジの心はどのような変化を見せるのか……？