警視庁警備部警護課第四係機動警護班隊員・井上薫（岡田准一）は、自殺した理事官に対して「仕方がないだろ。大義のためだ」と係長・尾形総一郎（堤真一）が発した言葉に、猜疑心と困惑の色を浮かべ対峙する。その出来事から1ヶ月。東京の街は、何事もなかったかのように毎日が過ぎ、どこを見渡しても平和な日本の姿があった。だが、そのウラでは、日本という国家のシステムを根底から揺るがすようなテロが企てられており、全ての脅威は、六本木の街から始まろうとしていた……。公安の目をかいくぐり、不穏な動きを見せる国家の要職を担うキャリア官僚たち。その中には、与党幹事長・伊達國雄（香川照之）の姿も含まれていた。相次ぐ脅威への過剰反応（シンクロ）に苛まれる井上。さらにテロリストの魔の手は、笹本絵里（真木よう子）、山本隆文（松尾諭）、石田光男（神尾佑）ら第四課のメンバーにも襲い掛かってくる……。