近未来、東京・渋谷からT－ウイルスの感染が始まる。それから4年後、荒廃しきった世界で、ウイルスにより人類は滅亡の危機に瀕していた。アンブレラ社の秘密研究所でウイルス兵器の開発に関わっていたアリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は、唯一T－ウイルスの取り込みに成功し、強力なパワー、スピード、異常な治癒力を獲得した。そして地球に残る唯一の組織となったアンブレラ社はアルバート・ウェスカー（ショーン・ロバーツ）の指揮の下、アリスのDNAを用いてクローンを生産するも逆にアリスにクローン隊を奪われる。アリスとそのクローン隊は、東京地下に建設されたアンブレラ社本社を急襲するが、ウェスカーは逃走時に核爆弾により本社を爆破消滅させる。その衝撃によりクローン隊は全滅。アリスも超人的な能力を失ってしまう。その後アリスは生き残りの人間を探して、世界中を旅していた。ウイルスに支配されない安全な場所への手掛かりを得たアリスは、ロサンゼルスに向かう。そこでアリスは、街が何千ものアンデッドに埋め尽くされた光景を目の当たりにする。そしてたどりついた刑務所で、隠れるように暮らしている人間たちを見つける。感染を逃れるには、唯一の安全地帯とされる“アルカディア号”に乗せるしかない。アリスは彼らを刑務所から脱出させてアルカディア号へ乗せるため、アンブレラ社との死闘に挑む。