ニューヨークの新聞社に勤める郵便仕分け事務員レミュエル・ガリバー（ジャック・ブラック）。小心者で冴えない毎日を送る彼は、密かにジャーナリストになりたいという野心を抱いていた。そんなある日、お得意の口から出まかせのハッタリで、謎のバミューダ三角地帯取材という大仕事を手にする。意気揚々と航海の旅に出たガリバーだったが、突然発生した大嵐に巻き込まれてしまう。意識を取り戻した彼が目にしたものは、限りなく小さな小人たちが住む美しい国、リリパット王国。この小人の国で彼は、運命を大きく変える途方もない大冒険を繰り広げることになる。中世さながらのこの国で、彼らよりも大きな体を生かして国王の危機を救ったガリバーは、ハッタリと現代文明の知識を生かして小人たちから崇められる存在に。しかし、根が小心者の彼は、予想外の敵の出現を前にして、臆病風に吹かれて醜態を晒してしまう。これによって、王国の人々を危機に陥れ、信頼を失ってしまうガリバー。果たして彼は、敵の侵略から王国を救い、信頼を取り戻して本物のヒーローになれるのだろうか……。