レベッカとセシルは双子の姉弟。大好きなパパと、再婚した新しいママ マリッサ、そして1歳のベビーと平凡な日々を過ごしていた。しかし、弟のセシルとは逆に、姉のレベッカはいつまでたっても新しいママとそりが合わない。「新しいママは、私たちにぜったい何か隠している気がする―」。ある日マリッサは、なついてくれないレベッカとの距離を縮めようと、大切な赤い石のネックレスをプレゼントする。「困ったとき、このネックレスがきっとあなたを守ってくれるわ」。その頃、ニューヨーク、ローマ、北京、メキシコ、パリ、マドリッド、東京、ロンドン――世界中の大都市で、時間が早まるという奇妙な事件が発生する。世界滅亡を企む史上最悪の悪党、チックタックとタイムキーパーの仕業だった！ 「我々は究極の兵器“アルマゲドン装置”を発動した。世界中の時間は奪われ、地球はまもなく終わりを迎えるだろう」。世界滅亡へのタイムリミットは刻一刻と迫っていた。マリッサのもとに秘密諜報組織“OSS”から緊急連絡が入る。「アルマゲドン計画を阻止できるのは、超時空を操る秘石“クロノスサファイア”だけ」 そのクロノスサファイアこそ、今はレベッカが持つあのネックレスだった！ 何も知らないレベッカとセシルは、襲いかかる敵にネックレスを奪われてしまう…。緊急の事態に突然言葉を話し始めた飼い犬のアルゴノートに連れられ、二人はOSS本社へとたどり着く。そして、ママが隠していた秘密――何度も世界を危機から救ってきた元敏腕スパイで育児のために引退していたこと、アルゴノートは二人を守るためにママが用意していたスパイロボット犬だったことを知る。そして二人は、普通の生活から一転、奪われたクロノスサファイアを取り戻し超時空崩壊を阻止するため、新スパイキッズとして立ち上がる！ 新スパイキッズのレベッカとセシル、OSSの超秘密兵器スパイロボット犬、生まれたばかりのベビースパイ、すっかり大人スパイの旧スパイキッズ姉弟カルメン＆ジュニに、スパイへの復帰を決意したマリッサ。最強のスパイ一家は世界を救うため、数々のハイパースパイアイテムを駆使し、最悪の敵に立ち向かう！ 世界時間はどうなるのか!? 超時空崩壊は阻止できるのか!? タイムキーパーの本当の狙いは!? スパイキッズたちの運命やいかに――!?