201X年―冬。浮島地区で七原文人(声：野島健児)の実験のために信じていた者たちに裏切られた小夜(声：水樹奈々)は、その復讐を果たすべく東京にいた。だがそこは世界企業セブンスヘブンを後ろ盾にした文人の実質的支配下となっており、青少年たちを完全管理下に置く青少年保護条例が施行され、なにかの実験が行われていた。そんな東京で小夜は社会を裏から支配する“塔”の秘密を暴くために活動するネットコミュニティ・サーラットのメンバーに出会う。ITベンチャー・シスネット代表の殯蔵人(声：神谷浩史)を中心に、指揮担当の矢薙春乃(声：甲斐田裕子)、松尾伊織(声：中村悠一)と藤村駿(声：梶裕貴)の現場担当コンビ、中学生ハッカーの月山比呂(声：花澤香菜)、そして地下鉄で“古きもの”に襲われたところを小夜に救われた、大切なものを失った少女・柊真奈(声：橋本愛)。小夜は真奈と出会い、そしてサーラットに導かれた。利害の一致した小夜はともに七原文人の組織“塔”に戦いを挑むことになる。サーラットは所在不明の文人の居場所を、ネットを駆使して探し続け、ついに私立十字学園に講演に訪れるという情報を入手。小夜は真奈とともに制服を身につけ潜入する。全ては文人との決着をつけるためであったが、実は文人の罠だった。果たして小夜とサーラットは、真の自由をその手に掴めるのか……。