NY。刑事シャフト(サミュエル・L・ジャクソン)は、白人客の多いバーで黒人学生が殺された事件を追っていた。一旦、容疑者ウォルター(クリスチャン・ベイル)を逮捕するものの、彼は不動産王である父の金の力で保釈が認められてしまう。それから2年後。シャフトは麻薬課のカーメン(ヴァネッサ・ウィリアムズ)と組んで、麻薬の秘密精製工場に突入しようとしていた。しかし失敗。それを見下していた麻薬の元締めのピープルス(ジェフリー・ライト)を、シャフトは強引に逮捕した。また折よくその夜、海外に逃亡していたウォルターが極秘帰国する情報が入り、再び逮捕。だがまたもや父の金の力で保釈。法ではなく金で動く司法制度に絶望したシャフトは、警察という組織にとらわれず、自身での事件解決を決意。カーメンや親友のラサーン(バスタ・ライムス)らの協力を得て調査を始めるが、ウォルター、そしてピープルスがシャフトの命を狙い始め、事態は混迷。しかし危険に身をさらしながらも、シャフトは己の志を貫いていくのだった。