1863年秋、南北戦争の激戦地テネシー州セント・デービッド。足に重傷を負い、片足を切断されると思い込んだ北軍中尉ジョン・ダンバー（ケヴィン・コスナー）は、北軍と南軍両陣営の眺み合いが続く中、決死の覚悟で単身馬を駆って敵陣に飛び込んだ。南軍が虚を突かれた隙に、北軍は一勢に彼の後に続いて攻め込み、勝利を収めた。戦闘が終わって一躍英雄となったダンバーは、殊勲者として勤務地を選ぶ権利を与えられ、フロンティアと呼ばれていた当時の最西部、サウスダコタのセッジウィック砦に赴任した。見渡す限りの荒野のただ中の砦とは名ばかりの廃屋で、ダンバーは愛馬シスコ、そしてトゥー・ソックスと名付けた野性の狼とともに、1人きりの、しかし不思議に満ち足りた生活を送り始めた。1カ月がたち、ダンバーはシスコを盗みに来たインディアンを慌てて追いはらう。この、ダンバーが辺境に来て以来初めて出会った人間こそ、インディアンのスー族の聖人蹴る鳥（グラハム・グリーン）で、長老とともに150人の部族を仕切っていた。集落に帰った蹴る鳥は、風変わりな白人の話をし、将来のために彼と接触すべきだと長老たちに力説した。一方ダンバーも、インディアンとコンタクトを取りたいと望み、自ら乗り込もうと決意していた。翌日、軍服を来て星条旗を掲げて出掛けたダンバーは、途中で1人の目の青いインディアン女性が倒れているのを助け、集落まで送り届けた。この事件がきっかけとなり、数日後蹴る鳥と勇者風になびく髪（ロドニー・Ａ・グラント）が砦に返礼にやってきた。ダンバーは精一杯にもてなし、やがて、彼らは頻繁に行き来するようになる。意志の疎通のもどかしさを解消するために立てられた通訳は、以前ダンバーが助けた女拳を握って立つ女（メアリー・マクドネル）で、彼女は幼い頃に拾われてスー族に育てられた白人女性だった。ある夜、バッファローの大軍が砦の傍らを走り抜けてゆくのを目撃したダンバーは、シスコを駆って蹴る鳥たちにいちはやく知らせた。翌日、ダンバーも参加してバッファロー狩りが行われる。それは、毛皮目当ての白人の狩猟とは違い、神聖で心躍る儀式であり、ダンバーは、これまで味わったことのなかった調和と安らぎを覚える。いつしか拳を握って立つ女を愛し始めていた彼は、祝福されて彼女と結婚、集落に自分のテントを持つようになる。狼と踊る男というインディアン名前をもらい、ダンバーは完全にスー族の一員になったかに思えた。冬が近づき、スー族とともに冬ごもりの土地へ移動する決意をしたダンバーは、合衆国の軍隊に足どりを知られないために、かつて克明に綴っていた日記を取りに久しぶりに砦に戻った。しかしそこにはすでに騎兵隊の部隊が大挙しており、ダンバーはインディアンとして捕われてしまう。反逆罪に問われ、処刑を目前にした時、スー族の勇者たちがダンバーを護送する馬軍を急襲、彼は救われた。しかし、インディアンを彼らの土地から駆逐する合衆国の軍勢はすぐそこまで迫っていた。狼と踊る男は、拳を握って立つ女とともに一族を離れ、雪山にわけ入っていった。