衛星軌道上に封印されていたエヴァンゲリオン初号機からサルベージされた碇シンジ。しかし目覚めた世界では14年が経過していた。ミサトたち旧ネルフ職員らは、反ネルフ組織「ヴィレ」を立ち上げ、使徒とネルフ側エヴァと戦っていた。ヴィレは回収した初号機をコアとした艦艇「AAA ヴンダー」を建造する。その艦内でシンジはミサトやアスカたちから冷たい態度を取られる。綾波レイを助けた代償として初号機は「ニア・サードインパクト」を引き起こし、世界が半壊してしまったためであった。その犯人として扱われるシンジ。助けたはずのレイも初号機からサルベージされなかったと聞かされる。二度とエヴァに乗らないことを厳命され、もし乗り込んで次に覚醒した場合に備え爆弾付きの首輪まではめられるのであった。そこにエヴァMark.09が襲来する。搭乗する「レイ」の声に促されシンジはMark.09の手に乗り脱出、ネルフ本部へと向かう。荒廃したネルフ本部でシンジは父ゲンドウと、謎の少年渚カヲルと出会う。ゲンドウはシンジにカヲルと共に新造されるエヴァ13号機に搭乗することを命令するのだった…。