生まれたばかりのウミガメ、サミー(声:羽多野渉)は大勢の兄弟たちと懸命に海へと這い進んでいたが、待ち受けていたカモメの集団に襲撃され、空高く連れ去られてしまう。咄嗟に勇気を振り絞り反撃したサミーは逃げ惑うなか、美しいメスガメのシェリー(声:鈴木あきえ)と運命的な出会いを果たす。二人は助け合いながら逃走するが、波にさらわれたサミーは逃げ遅れ、シェリーと離れ離れになってしまう。ひとり、広大な海へと逃げ込んだサミーは、親友のオサガメのレイ(声:柿原徹也)、人生経験豊富でお節介な青ウミガメのベラ(声:LiLiCo)、皮肉屋のフラッフィーら、仲間たちの助けを借りながらシェリーを捜し求める壮大な旅へと出発する……。