ケビン（マコーレー・カルキン）の家では、伯父さんの転勤にともない、パパ（ジョン・ハード）にママ（キャサリン・オハラ）、姉2人兄2人と一緒に、パリに招待されて大忙し。いとこたちも含めて総勢15人と、大騒ぎだ。出発の朝、慌ただしく家をあとにした一家は、飛行機の中でケビンを1人家に置き忘れて来たことに気付いた。大慌ての両親はすぐに家に引き返そうとしたが、あいにくクリスマス休暇で飛行機は満席、ママたちはやきもきするばかり。そのころ1人残されたケビンは、誰もいない家で思いっきり自由を満喫していた。1人でスーパーに出掛けた時、前科のある殺人鬼だという噂の、隣に住むマーリー老人（ロバーツ・ブラッサム）に会う。びっくりして逃げ出すケビンの前に、ハリー（ジョー・ペシ）とマーブ（ダニエル・スターン）という怪しい男の影が。彼らは、留守中のケビンの家をねらう強盗だったのだ。気配に気付いたケビンは、ギャング映画のせりふをビデオで流し、彼らを追っ払う。そのあと教会に出掛けたケビンは、またマーリー老人に会い驚くが、実は彼は殺人鬼ではなく、心の優しい老人であることを知った。家に戻ったケビンは、1人で我が家を守ろうと決心し、家中に完全防備を敷いた戦闘プランを作る。外の階段に水を流して氷の壁を作り、地下室にはタールを、窓辺には尖ったおもちゃをばらまいた。やがてハリーたちがやって来た。おもちゃの銃をハリーの急所とマーブのおでこにお見舞いし、凍った階段をずるずるすベリながらやっとの思いで上って来たところへ、仕掛けた釘が素足に刺さる。次々と追い打ちをかけるケビンの攻撃に2人は息も絶え絶えになるが、最後の力を振り絞ってケビンをついに捕らえる。つるし上げられ、もはやこれまでと思ったそのとき、マーリー老人のシャベルが2人に一撃を加え、ケビンは難を逃れて2人組をみごとうち負かした。次の朝、ようやくママが家に帰り着き、続いて家族たちも顔をそろえ、そしてマーリー老人も長く離れていた息子と再会を果たし、みんなに平和が戻るのだった。