マカリスター一家は、クリスマス休暇をフロリダで過ごすことになるが、空港でパパ（ジョン・ハード）と同じコートを着た人についていったケヴィン（マコーレー・カルキン）は、ニューヨーク行きの飛行機に乗ってしまう。憧れの街に来たケヴィンは、ママ（キャサリン・オハラ）の鞄に入っていたクレジット・カードと現金で一流ホテルに宿泊し、リッチな気分。一方フロリダ空港では、ケヴィンがいないことに気づいた家族が警察に捜査を依頼するが、とりあえずカードの盗難届けを出して連絡を待つことになる。翌日、リムジンを借りダンカン・トイ・ストアという玩具デパートへ出かけたケヴィンは、去年彼の家へ強盗に入った泥棒コンビ、ハリー（ジョー・ペシ）とマーヴ（ダニエル・スターン）を発見し、持っていたウォークマンに2人の会話を録音した。2人はデパート強盗を計画していた。ホテルに戻ったケヴィンは、盗難カードを使ったという理由でホテルマンに追われ、セントラル・パークの方へ逃げる。ママのアドレス帳から叔父の家を探し当てるが、改築中のため誰もいない。セントラル・パークのホームレスのおばさん（ブレンダ・フリッカー）と仲良しになったケヴィンだが、彼は泥棒撃退作戦を叔父の家で練り始めた。ケヴィンはデパートに侵入し、レジの金を漁る2人を写真に撮り、デパート内での大追跡が展開されるが、泥棒たちを叔父の家へおびき寄せることに成功する。階上からレンガを落としたり、ペンキを全身に浴びせたりして泥棒2人組をやっつけ、セントラル・パークに逃げ込むが、追ってきた2人組に捕まってしまう。一方、ニューヨークへ来たママはケヴィンの写真を手に探しまわっている。ホームレスのおばさんの蒔いたハトのエサで2人組がハトに襲われている隙にケヴィンは逃げ出し、ロックフェラー・センターのクリスマスツリーの前でママと会うことができた。