警視庁特殊部隊“SAT”、警視庁特殊犯捜査係“SIT”に次ぐ“第3のS”として新設された警視庁特殊急襲捜査班“NPS”（＝National Police Safetyresucue）。“SAT”の機動力と“SIT”の捜査権を併せ持ち、犯人の生死を問わない“制圧”ではなく、生かしたまま捕える“確保”を目的とした彼らは、発足以降、数々の事件で実績を積み上げ、日本の治安を守る新たな砦として注目を集めていた。平穏な日々の中、普段と変わらない生活を送る人々。だが、その日常を切り裂くように突如、バスジャック事件が発生する。神御蔵一號（向井理）を始めとしたNPSは、出動要請を受けて現場に急行。だが、一向に犯人からの要求はなく、メンバーは現場の状況に違和感を覚える。そんな中、太平洋沖で巨大な輸送船が何者かに乗っ取られる事件が発生。しかも、積載されている貨物は、日本全土を燃やし尽くすほどの核燃料。一体、誰が何のために？！未曾有の事態に備えて閣僚が緊急招集された首相官邸に、犯人を名乗る男から電話が入る。“裸で私はこの世に来た。裸で私はこの世から出て行かなければならない”スピーカーから響き渡るのは、因縁あるあの男の声だった……。進み始めた日本壊滅へのカウントダウン。そして、新たな“S”との共闘。この国の未来を取り戻すため、“S”最後の作戦が始まる……。