忍びの世界で最強の名をほしいままにしていた虎影（斉藤工）は、6年前にその道を捨てて、今は忍者の里の片隅で愛する妻・月影（芳賀優里亜）と子供・孤月（石川樹）とともに静かに暮らしていた。ある日、“黄金の巻物”を手に入れた忍者の首領がもう片方の“銀の巻物”も手に入れようと、あらぬ罪で孤月を人質にとったため、やむなく虎影と月影は再び任務に就く。二人は、“銀の巻物”を持っている藩主の館に忍び込み、巻物を盗み出すことに成功する。しかし、人柱になっていた少年を助けたため、傭兵忍者部隊に捕まってしまう。虎影は悪辣な藩主に交渉し、月影を人質として残し、孤月を救うため、忍者の里へ再び向かう。家族二人が両方の陣営で人質となった虎影は、二人を助ける為に奮闘し、孤月を助け出す。虎影は息子とともに、月影の救出作戦を決行する。藩主の館は水害の土地にあり、新しいダムを建設するため、月影は人柱として捕えられていた。虎影と孤月は忍者軍団に追われながら、水が流された建設中のダムの柱をよじ登る。虎影たちは月影を救うことができるのか？ そして、“金の巻物”と“銀の巻物”の正体とは……？