ボストンの空港。コミック作家のクレイ・リデル（ジョン・キューザック）は、携帯電話で別居中の妻シャロンと通話していた。自作のグラフィックノベル『闇夜の旅人』のゲーム化権が売れた嬉しさもあり、息子のジョニーに会えないかと懇願していた最中、バッテリー切れに。やむなく公衆電話でかけ直していたところ、携帯を使う周囲の人々に異変が起こる。頭を抱えて小刻みに震えた後、口から泡を吹きながら、携帯を持っていない人々を襲い始めたのだ。ナイフを持った料理人がクレイに襲い掛かり、携帯で警察に通報しようとした女性も暴徒と化す……。パニック状態の空港から地下鉄構内まで逃げたクレイは、車掌のトム・マッコート（サミュエル・L・ジャクソン）と出会い、地上への脱出に成功。やがて2人はクレイのアパートに辿り着くが、そこでは階上に住む17歳の少女アリス（イザベル・ファーマン）が、“奴ら”と化した母親を殺害していた。“奴ら”に占拠されたボストンから、シャロンとジョニーが住む北へ向かう3人。その途中、昼は鳥の群れのように集い、夜は思考停止する“奴ら”の生態が次第に明らかになる。彼らをひとつにしているのは、何者かが発する“パルス”だった。その後、寄宿舎ガイテン・アカデミーに辿り着いた一行は、“奴ら”の生態を研究するアーダイ校長（ステイシー・キーチ）と生徒のジョーダン（オーウェン・ティーグ）に出会う。その話によると、“奴ら”は凄まじい勢いで進化し続けているという。競技場で寝ている“奴ら”に火を放ち、一網打尽にするクレイたち。新たにジョーダンを加え、再び北へ向かった4人はある日、同じタイミングで赤いパーカーのフードを被った長髪の男に襲われる悪夢を見る。それは、『闇夜の旅人』に登場し、終末を予言するキャラクターだった。果たして、世界は“奴ら”に侵略されてしまうのか？辿り着いた先に待ち受ける恐るべき真実とは……？