人類がエイリアンとの壮絶な死闘に勝利してから20年。30億の尊い命を失った人類は、新たな襲来に備えるため、エイリアンの宇宙船のテクノロジーを基に、地球防衛システムを構築していた。そして迎えた2016年7月。エイリアンが残した宇宙船が、20年の時を経て密かに覚醒。地球に仲間を呼び寄せるSOS信号を発信し始める。ほどなくして地球に現れたエイリアンは、想像を遥かに超える進化と巨大化を遂げていた。重力すらも自在に操るそのパワーの前に、ニューヨーク、ロンドン、パリ、シンガポール、ドバイといった世界の主要都市は、なすすべもなく壊滅。敵の猛攻撃に晒され、防衛システムを無力化された人類は、たちまち滅亡の危機に直面する……。