瀬戸内海の小さな島に男の死体が半年に6体流れ着き、その身元は不明のままという怪事件が発生。編集者の小川みゆき(広瀬アリス)から“死体島”の話を聞き、事件に興味を持った天才脳科学者の御手洗潔(玉木宏)は、早速瀬戸内海へと飛ぶ。そこは日本で唯一、太古の昔から変わることなく6時間ごとに潮の満ち引きが繰り返される時計仕掛けの海だった。やがて御手洗は6体が広島県福山市から流れ着いたことを突き止めるが、その後、外国人女性の変死体が見つかり、滝つぼに口と目をふさがれた男女が拘束されるなどの事件が次々と起こる。御手洗は江戸の世まで歴史をさかのぼり、複雑に絡み合う事件の真実に迫っていくが……。