1年後の地球破壊を宣言した謎のタコ型超生物、通称・殺せんせーがなぜか椚ヶ丘中学校3年E組の担任教師となり、マッハ20の超速度で動き回るその超生物の暗殺が政府から落ちこぼれクラスの生徒たちに託された。暗殺のタイムリミットまであと半年となった2学期。学園祭が終わりほっとするE組の面々だったが、その中の一人、茅野カエデが暗殺者としての正体を現した。隠し持っていた黒い触手を殺せんせーに向け、雪村あぐりの妹であることを明かす茅野。茅野の正体に、E組の間にも激震が走る。殺せんせーは、かつて死神と呼ばれた殺し屋だった過去を話し始めた。ついに迎えた最終学期。殺せんせーの過去を知ったE組は、暗殺か、それとも救済か、意見が分かれていた。そんな中、殺せんせー暗殺最終作戦が国家規模で動き出す……。