ある漆黒の夜、日本警察にスパイが侵入。イギリスのMI6、ドイツのBDN、アメリカのCIAなど各国の諜報機関、さらにはFBIの機密データを持ち出そうとするが、間一髪のところで安室透率いる公安が駆けつける。スパイは車を奪って逃走。高速道路で安室とのデッドヒートを繰り広げ、他の車も巻き込む大惨事になろうとしたその瞬間、スパイの車はFBI赤井秀一のライフル弾に撃ち抜かれ、道路の遥か下へ転落していった……。その翌日、コナン(声:高山みなみ)たちは、リニューアルしたばかりで大盛況の東都水族館へ遊びにきていた。その目玉となっている巨大観覧車の下で、コナンはケガをして独り佇む容姿端麗な女性を発見する。彼女は、左右の瞳の虹彩色が異なる通称“オッドアイ”の持ち主であった。しかし、自分の名前もわからないほどの記憶喪失状態で、所持していた携帯電話は壊れてしまっている。その記憶が戻るように手助けをすることを約束したコナンたちは、そのまま彼女と一緒に過ごすことに。だがその一部始終を、多くの未解決事件に関わる世界的規模の犯罪組織“黒ずくめの組織”のベルモットが陰で監視していた。やがてその場を後にしながら装着していたインカムで、コナンに毒薬を飲ませその体を小さくさせた冷酷な男・ジンと連絡を取りあうのであった……。