ケンカが発生したと通報が入り、保安官が現場まで駆けつける。そこには何人もの男たちが倒れていたが、これは男がたった1人でやったことらしい。ジャック・リーチャー(トム・クルーズ)は手錠をかけられ、連行されそうになると突然、「90秒以内に2つのことが起きる」と予言をし始める。「まず電話が鳴る」「次にこの手錠はあんたの手に」というリーチャーの言葉を鼻で笑う保安官だったが、結局リーチャーの予言通りとなる。リーチャーは古巣である軍に立ち寄るため、現在の指揮官であるターナー少佐(コビー・スマルダース)を訪ねるが、スパイ容疑で逮捕されたと聞かされる。ターナー少佐は嵌められたのだと感じたリーチャーは、彼女を助けるため動き始めるが、彼を追う謎の影が現れる。しかし、リーチャーは軍で培った能力で次々と敵を倒していき、ターナー少佐を牢獄から脱出させる。何かの陰謀があると感じた二人は、真相を探り始める。