東京に現れた大怪獣モノは首都を蹂躙し、その強力な電磁波によって自衛隊の全兵器を無力化する。なすすべもない防衛省が助けを求めたのは、捏造疑惑で学会を追放されたバイオ研究の第一人者、西郷博士(真夏竜)だった。博士は自身が開発した万能細胞“セタップX”を助手の新田(斉藤秀翼)に投与する。新田は巨大化し、身長40メートルの超人(飯伏幸太)に変身してモノに立ち向かう。モノに勝った巨大化した新田はたちまち日本中のヒーローとなる。博士の研究を巡り新田に近づく謎の女リサ(赤井沙希)の存在を、博士の娘・美和(河西美希)は気にする。再び大怪獣モノが出現し、新田は巨大化する。しかし、学習したモノに新田は倒される。再強化するために毒には毒を、と西郷は最終手段を決断する。果たして新田はモノを倒し、日本を救うことができるのか?