広島、長崎に原子爆弾が投下されてから71年。紛争が絶えない世界で、核廃絶は一向に進まない。唯一の被爆国であり世界の核廃絶をリードすべき日本は、史上最悪の福島原発事故を起こし、それでも再び原発を動かそうとしている。放射能の恐ろしさを一番知っていたはずの日本人が、なぜ福島の事故を起こしてしまったのか？そしてなぜ今も原発にこだわるのか？長崎の被爆3世の松永瑠衣子は、この疑問を胸に、原子力の平和利用の現場を旅する。福島県浪江町では無人の町を歩き、仮設住宅でお年寄りの無念の思いに耳を傾ける。長崎の保養キャンプに招いた子供たちとも再会。放射能の恐怖に怯えながら暮らす親子の姿を目の当たりにする。青森県六ヶ所村では、試験運転中の再処理工場を訪問。地元で反対運動を続ける漁師とも出会う。旅の終着地はマグロで有名な大間町。全炉心でMOX燃料を使用可能な世界初の大間原発の建設用地にログハウスを建て、持続可能な暮らしを実践する1人の女性と出会う。瑠衣子は母校の長崎大学核廃絶研究センターを訪ね、日本が47トンもの大量のプルトニウムを保有している事実を知る。長崎に落とされた原子爆弾“ファットマン”の原料となったあのプルトニウムだ。一体なぜ？撮影班は、瑠衣子とは別に日米の政治家や専門家へのインタビューも試みる。ジャパンハンドラーの異名を持つリチャード・アーミテージ、原発事故時の首相・菅直人、米国の“アトムズ・フォー・ピース”政策を批判し続ける歴史家ピーター・カズニック、日米原子力交渉を担当した外務官僚・遠藤哲也……。やがて瑠衣子は、政治家たちが隠してきた重大な事実を知ることになる。長崎に生まれた者として、決して許せない事実を……。そして、“日本の原子力の父”とも呼ばれる1人の老人と向き合う。長崎、福島、青森そしてアメリカをプルトニウムがつなぐ……。