宇宙世紀0079年。人類は宇宙ですら戦場に変え、ジオン公国軍は、世界人口の半数を死に至らしめたブリティッシュ作戦・コロニー落としを実行し突き進んでいた。一方、劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍。そしてその裏では、ザビ家の陰謀が交錯する。変えがたい運命に翻弄されるセイラ・マス(声：潘めぐみ)、ジオン軍のパイロットとなってしまったランバ・ラル(声：喜山茂雄)やハモン(声：沢城みゆき)、サイド7で平穏に暮らすアムロ(声：古谷徹)やフラウの日常生活にも暗い影が訪れようとしていた。そんななか、復讐に駆られたジオン軍のエース、シャア・アズナブル(声：池田秀一)の「赤い彗星」としての伝説が誕生する……。