人の姿をしながらも、水とコーヒー以外で摂取できるのは人体のみという正体不明の怪人“喰種（グール）”が人間と同じように暮らしている東京。ごく普通の内気な大学生のカネキ（窪田正孝）は、ある日、事故で重傷を負い、事故のとき一緒にいた喰種の少女・リゼ（蒼井優）の臓器を移植されたことで半喰種となってしまう。自分が喰種化したことで苦悩するカネキは、以前から通い詰めていた喫茶店あんていくで働き始める。あんていくは喰種が集まる店で、そこで出会ったアルバイトの女子高生・トーカ（清水富美加）も喰種だった。トーカはぶっきらぼうな態度を取りつつもカネキを助ける存在となっていき、カネキは喰種たちのことを深く知るにつれ、大切な仲間や友人とどう向き合うか葛藤する。そんななか、喰種を駆逐しようとする人間側の組織CCGの捜査官・亜門（鈴木伸之）と真戸（大泉洋）が現れ、人間と喰種の戦いが激化していく……。