2013年4月15日。殺人課の刑事トミー(マーク・ウォールバーグ)は、朝からボストンマラソンの警備に駆り出されていた。オリンピックの次に歴史の古いこのマラソン大会は、毎年祝日である「パトリオット・デイ(愛国者の日)」に開催され、117回目を迎えるこの日も50万人の観衆で賑わっていた。そんななか、次々と走者がゴールし、最高潮の盛り上がりの最中、トミーの背後で突如大爆発が発生。歓声は悲鳴に変わり、煙が立ち込める中に血を流した負傷者たちが折り重なって倒れていた。トミーらボストン警察の面々は事態が飲み込めないまま救護活動を開始。やがて到着したFBI捜査官リック(ケヴィン・ベーコン)が現場を慎重に観察すると「これはテロだ」と断定。管轄はFBIへ移るが、犯人に対する怒りが沸々と湧き上がっていたトミーは、病院を回って負傷者たちの話を丁寧に聞いてまわるのだった。9.11同時多発テロ以降の事件にアメリカは震撼、爆発時の映像はまたたく間に世界中に配信される。やがて監視カメラに映る不審な“黒い帽子の男”と“白い帽子の男”が容疑者として浮上する……。