1943年、ナチスドイツの脅威がヨーロッパ中に広がるなか、フランスもその支配下にあった。ファニー（レオニー・スーショー）は勝ち気さを内に秘めた13歳のユダヤ人の少女で、幼い二人の妹と共に、協力者たちが秘密裏に運営する児童施設に匿われていた。検閲の目をくぐって届く母からの手紙と、夜中にベッドの中で父からもらったカメラのファインダーを覗いて楽しかった日々を思い出すことがファニーの生きがいだった。そんなある日、心無い密告のため、子供たちは別の協力者の施設に移らなくてはならなくなる。だが、やっと落ち着いたと思った途端、その施設にもナチスの手が忍び寄る。列車を使って移動するファニーたちは、ドイツ兵による厳しい取り締まりのせいで引率者とはぐれてしまい、9人の子供たちは見知らぬ駅で取り残される。いつの間にかリーダー役となったファニーは子供たちを一つにまとめ、いくつもの窮地を勇気と知恵で乗り越えながら、スイスの国境を目指す。しかし、追手はすぐそばまで迫ってきていた……。