砂漠で消息を絶った偵察小隊の探索に当たっていたアルテミス(ミラ・ジョヴォヴィッチ)率いる特殊部隊を、突如強烈な砂嵐が襲いかかる。必死に逃げるものの一瞬にして嵐に飲み込まれてしまう隊員たち。アルテミスは、激しい突風と稲光の中で気を失ってしまう……。砂嵐が去った後、彼らの眼前に現れたのは、未知なる世界の光景とありえないサイズの巨大モンスターだった。近代兵器が通用しないモンスターの猛攻に、小隊は全滅寸前。そんな絶体絶命の危機を救ったのは、見慣れぬ装備を身に纏い、巨大な剣を携えた一人の男(トニー・ジャー)であった。彼はモンスターを狩るために戦う者=モンスターハンターだという。アルテミスたちはなぜモンスターが跋扈する世界にやって来たのか。そして、元の世界に戻る方法はあるのか。すべての真実を知るためには、次々と襲来する巨大モンスターたちを倒し、生き残るしかなかった……。