アカネ（声：松岡茉優）の誕生日前日、目の前で地下室の扉が突然開く。そこに、謎の大錬金術師ヒポクラテス（市村正親）とその弟子・小人のピポ（東山奈央）が現れる。2人はアカネに、私たちの世界を救ってほしいと懇願する。自分に自信がないアカネはできないと断るが、好奇心旺盛で自由奔放な叔母チィ（杏）に促され、骨董屋の地下の扉から繋がる“幸せ色のワンダーランド”へ無理やり連れて行かれてしまう。そこは、時空を操るクモやまん丸でモコモコの羊、巨大な鳥や魚と、アカネたちとそっくりな人たちが暮らす世界で、“色が失われる”危機に瀕していた。色を作る水を守るため、アカネはワンダーランドの救世主となり、チィやヒポクラテス、ピポと共に、色とりどりの町を巡る。一方、ザン・グ（藤原啓治）たちは、命の源の水が湧く井戸を破壊しようと計画を進行していた。ついにアカネとザン・グが井戸の前で対峙したとき、アカネは人生を変える決断を下す……。