リッチでイケメン、独身生活を謳歌する敏腕ベテラン刑事のマイク（ウィル・スミス）と、妻に頭が上がらず、家庭優先、仕事はイマイチだが最高の相棒マーカス（マーティン・ローレンス）。2人はマイアミ市警の名物コンビ“バッドボーイズ”と呼ばれていたが、マーカスは家族のことを考え、危険と隣り合わせの仕事から引退を決意する。新チームに配属されたマイクは、若手エリート捜査官たちで組織されたAMMO（＝マイアミ市警特殊エリート部隊）のメンバーと新たなチームを結成することに。ところが、マイクは生意気な若手と衝突を繰り返すばかり。そんな中、ある事件の捜査を進めていたマイクが、何者かに命を狙われる事態が発生。さらには、マイクの周囲にまで容赦なく凶弾が……。犯人の狙いは、マイクの命。追い詰められたマイクは、マーカスと再び“バッドボーイズ”を結成し、本格的に捜査に乗り出す。だが、その過程で政府要人が次々と殺害されていく。一見、無関係に見えた政府要人の暗殺と自分への脅威。全ては、マイクが過去に関わった事件と深い因縁があった。自らの過去と対峙するため、メキシコに渡るマイクだったが……。